a.支払調書及び各種証明書の発行業務

支払調書は、1〜3月、4〜6月、7〜9月、10〜12月の各間に支払ったものをその期間の翌月に所轄の税務署に2部づつ提出します。 組合用の控としてもう1部作成し、税務署に提出する際、控に受付印を押してもらいます。
尚、仮払いのときは、仮払精算時が「支払った日」と解して下さい。

各種証明書は、各権利者が確定申告等に使用するので、できるだけ速やかに発行しておくことが必要です。

[注]
1.証明書に誤りがあると、結果として誤った申告をさせることになり、責任問題が生じかねません。
2.万が一証明書類の誤りを発見した時は、速やかに回収し、かつ、訂正後のものを発行しなければなりません。時として、受け取ったか否かの問題が生じることがあるので、証明書の交付時には必ず受領印をとるようにして下さい。
3.証明書類の発行に関しては、特に慎重な処理が要求されますが、そのポイントを列挙しておきます。
（1）発行責任者を決める。
（2）交渉の経過で、金額が変更されることが多いので、最終の契約時資料から金額を抽出すること。
（3）権利者によって、必要な証明書が違うので、一覧表を作成する。
（4）記載する適用条文、文言が異なるので、権利者別に、その一覧表に条文及び注意事項を記入する。
（5）作成し終ったら、必ず別人がチェックする。
（6）施行者印を押したものを2部づつ作成し、1部を組合保管とする。
（7）証明書交付簿を準備し、それに証明書交付時に受領印と日付を記入する。
（8）記載する文言等について疑問があれば、細かなことでも所轄税務署に指導を仰いでおくこと、後々便利である。

b.権利者への申告方法説明会の開催

個人権利者、借家権者、法人権利者に分けて行うことが望ましいと思います。
申告が比較的簡単なケースが多いが、代替資産の取得をする場合とか、複雑なケースでは、税理士に委嘱せざるを得ません。
一般に、再開発未経験の税理士が多いので、こうした説明会に権利者の顧問税理士にも出席してもらって、説明を聞いてもらっておくと良いでしょう。
又、税の説明会資料を事前に所轄税務署に渡して、内容を検討してもらっておくことも、大変有意義なことです。

c.収支計算書の提出

平成9年1月1日以後に開始する事業年度分から、公益法人等（年間の収入金額が、8,000万円以下のもの等は除かれます）は、原則として事業年度終了の日の翌日から4月以内に、その事業年度の収支計算書を、主たる事務所の所在地の所轄税務署長に提出しなければならないこととされました。
具体的には、法人税法別表第二に掲げる法人をいい、市街地再開発組合は、これに該当します。（但し、人格のない社団等である「準備組合」は、今回の制度の対象外です）
また、年間収入が8,000万円以下であれば、この制度による収支計算書の提出の必要はありません。
年間収入が8,000万円以下であるかどうかを判定する場合の収入金額は、事業年度単位で計算した基本財産等の運用益、会費、寄付金、事業収入などの収入金額の合計額とされ、次のような収入は8,000万円の判定には含まれません。
（1）土地、建物などの資産の売却により、臨時的に発生する収入（保留床売却収入）
（2）前期から繰り越された収入（剰余金）、借入れによる収入、貸し付けた金銭等の返還による収入など、実収入とならないもの

提出する収支計算書は、公益法人等の活動内容に見合った勘定科目を使用して作成して下さい。但し、上記(1)、(2)などの年間収入8,000万円の判定に含めなかった収入も記載する必要があります。

d.権利者・借家人が受けとる補償金は、原則として消費税は一切不課税です。

又、権利変換の従前資産譲渡及び従後資産取得も不課税です。
更に、清算金徴収金・交付金とも不課税です。

e.印紙税では組合は非課税法人（印法5）となっています。

しかし、業者及び権利者等に非課税の適用はないので、印紙税課税文書については業者等負担で、印紙の貼ったものを組合が保管することが正しいでしょう。

f.地方税

・不動産取得税
権利床に係る手続
権利変換の方式が特則型の場合、施行者である組合は一定の手続をしなければなりません。
権利床を取得した権利者は、その取得が権利床である旨の申告等をしなければなりません。